Самвел Борисович Карабекян имеет более чем сорокалетний опыт работы в системе высшего образования. За этот период им было подготовлено 15 кандидатов наук по специальности 10.02.06 - "Древние и новые языки Азии". В 1992-2008 гг. он занимал должность заведующего кафедрой арабистики Ереванского государственного университета, а с 2006-го по 2008-й гг. одновременно руководил Управлением развития университетского образования ЕГУ. В  2009-2018 гг. преподавал также на кафедре управления образованием университета им. В. Я. Брюсова и руководил Центром непрерывного образования. В 2014 г. был избран председателем Армянской лиги образования на протяжении жизни, занимал этот пост до 2018 г. В настоящее время преподает в Институте востоковедения Российско-Армянского (Славянского) университета. 

Имеет также опыт работы в государственных и дипломатических структурах, ведет экспертную деятельность в области высшего образования и науки.