Սամվել Կարաբեկյանը բարձրագույն կրթության ոլորտում շուրջ 40 տարվա աշխատանքային փորձառություն ունի։ Այդ ընթացքում պատրաստել է Ժ.02.06՝ «Ասիայի հին և նոր լեզուներ» մասնագիտությամբ 15 գիտությունների թեկնածուների։ 1992-2008 թթ.Երևանի պետական համալսարանի  արաբագիտության ամբիոնի վարիչն էր։ 2006-2008 թթ. միաժամանակ ղեկավարել է  ԵՊՀ Համալսարանական կրթության զարգացման վարչությունը։ 2009 թ.-ից մինչև 2018 թ.-ը դասավանդել է նաև Երևանի Վ.Բրյուսովի անվ. պետական համալսարանի կրթության կառավարման և պլանավորման ամբիոնում և ղեկավարել Համալսարանական շարունակական կրթության կենտրոնը։ 2014 թ.-ին ընտրվել է Ցկյանս ուսումնառության Հայաստանյան լիգայի նախագահ, պաշտոնավարել է մինչև 2018 թ.-ը։ Այժմ դասավանդում է Ռուս-Հայկական (Սլավոնական) համալսարանի արևելագիտության ինստիտուտում

Ունի նաև աշխատանքի փորձ պետական և դիվանագիտական կառույցներում, փորձագիտական գործունեություն է վարում բարձրագույն կրթության և գիտության ոլորտում: